Nelson Méndez debutó en Deportivo Valdivia a los 17 años y es parte de una generación exitosa del baloncesto local que emergió a mediados de la década de los '90, entre ellos Paulo Henríquez, David Ergas, Mauricio Martel, Ramiro Vera, Claus Prützmann y Pedro Kairath (Q. E. P. D.). Fue justamente con Jorge Luis Álvarez, como también con Marcos Guzmán, que Méndez explotó en el básquetbol y logró el título Dimayor de 2001 y el vicecampeonato del Sudamericano de Clubes Campeones de 2002.