Logran secuenciar el genoma completo de nueva cepa de covid
EN LOS RÍOS. Investigadores trabajan en AUSTRAL-omics, unidad que colabora en programa de Ministerio de Ciencias.
Un grupo de científicos de la Universidad Austral de Chile logró secuenciar el genoma completo de la nueva variante del SARS-CoV2, conocida como "cepa británica", cuya primera aparición en Chile fue detectada el 22 de diciembre pasado, en una mujer residente en Panguipulli. Actualmente hay más de 18 casos, presentes también en la regiones Metropolitana y del Maule.
La importancia de este logro del equipo de la Uach es que contribuye a una vigilancia genómica preventiva, que permitirá identificar tempranamente mutaciones deben ser estudiadas para conocer el efecto que tienen en el virus mismo y por tanto en su comportamiento en el humano.
El trabajo científico se realizó a través de AUSTRAL-omics, Unidad de Innovación en Biotecnología, que es parte del programa de Vigilancia Genómica que está implementando el Ministerio de Ciencia.
La doctora Andrea Silva, directora ejecutiva de AUSTRAL-omics, indicó que "a nivel científico estamos preocupados por conocer la diversidad que tiene el virus en el país y no sólo si está presente la variante de Reino Unido. El genoma viral sufre mutaciones azarosas constantemente y mientras más personas presentan la enfermedad, más aumenta el número de copias virales y con cada vez que el virus se replica en una célula humana, le damos una nueva posibilidad para que mute. Es importante monitorear estas mutaciones, dado que estos cambios pueden hacer que se modifique el comportamiento viral, variando por ejemplo su tasa de infectividad, su grado de severidad, así como también se pudiera afectar la secuencia de los genes que se utilizan en las pruebas PCRs para la detección y diagnóstico de COVID-19".
Equipo
El trabajo de secuenciación del genoma del virus estuvo a cargo de los bioquímicos Luis Guzmán y Carolina Encina, con ayuda de la biotecnóloga Rocío Paleo. El ensamble del genoma y análisis quedó a cargo del ingeniero bioinformático Cristian Molina.
"La muestra clínica fue procesada inicialmente en el laboratorio de bioseguridad nivel 2 de la Facultad de Medicina de la Uach para la extracción del genoma y luego los procesos de estandarización, preparación y secuenciación del genoma fueron realizados en el Laboratorio de Genómica de AUSTRAL-omics durante los primeros días de enero. La estandarización del protocolo de secuenciación del genoma fue extenso, pero nos permitirá reducir los tiempos de las secuenciaciones genómicas futuras", detalló Guzmán.
Carolina Encina indicó que "dada la geografía de nuestro país es importante contar con laboratorios como el nuestro a lo largo del territorio para acceder de manera oportuna a este tipo de análisis.Esto cobra mayor relevancia con este virus ya que su genoma es de RNA, molécula altamente susceptible a degradación, razón por la cual se utilizan transportes específicos y cadena de frío. Contar con laboratorios cercanos al lugar de la toma de muestra disminuye ese riesgo de degradación. Tener a lo largo de Chile diferentes laboratorios de monitoreo genómico del virus facilitaría la pesquisa de nuevas variantes que ingresen por pasos fronterizos terrestres".